Первой естественнонаучной отраслью, где проявилась государственная политика, была медицина. Еще в 1534 г. с немецкого языка был переведен «Вертоград», содержащий много медицинских сведений. Эта книга по тем временам получила достаточно широкое распространение. В ней содержались правила личной гигиены, ухода за больными, многочисленные сведения о лекарственных травах, их свойствах и местах распространения. В 1581 г. для обслуживания царской семьи была устроена аптека в Москве, в которой работал, приглашенный Иваном IV, англичанин Джеймс Френч.

В XVII в. все настойчивее ставился вопрос об обеспечении постоянной медицинской помощью войска и гражданское население. С этой целью в 1620 г. был создан аптекарский приказ – высший орган управления медицинской службой в России. В 1631 г. штат аптекарского приказа был небольшой: два доктора, пять лекарей, один аптекарь, один окулист, два переводчика и подьячий. Первое время он больше носил придворный характер, но с середины века приказ становится государственным учреждением. Значительно расширились его функции: он ведал приглашением на службу иноземных врачей, подготовкой национальных кадров, распределением их по должностям, проверкой «докторских сказок», выплатой жалованья. Из аптекарского приказа исходило руководство аптеками, организацией сбора лекарственных трав в масштабах всей страны.

Документы показывают, что врачи неплохо диагностировали целый ряд заболеваний, назначали соответствующее лечение и даже предсказывали исход болезни. Им были известны такие болезни, как жабная (стенокардия), цинга, лихорадка, золотуха, «каменная», падучая, рожа и др. Однако следует отметить, что способы лечения не были на высоте. Среди самых популярных средств «от всех бед» получило распространение кровопускание. Его применяли даже при заболеваниях холерой.