Сохранение председательства царя в Совете министров означало полную зависимость его деятельности от Александра II, и последний быстро свел на нет его заседания, довольствуясь прежним порядком решения государственных дол. Только в 1862- 1864 гг. Совет собирается более или менее регулярно, занимаясь обсуждением чрезвычайных мер борьбы с общественным движением и хода разработки крупных реформ. Во второй половине, 60-х гг. Совет созывается от 2 до 5 раз в год, а в 70-е гг. – один-два раза в год, да и то не ежегодно.
С течением времени Александр II все больше предпочитает решение дел либо по докладу министра, либо на «узких» совещаниях. Иногда это бывали совещания с более или менее постоянным составом, собиравшиеся регулярно в связи с чрезвычайными обстоятельствами. Так было в январе-марте 1863 г., когда у императора по утрам происходили ежедневно совещания о положении в Польше с участием министров военного, внутренних и иностранных дел, главноуправляющих III отделением и путями сообщения. На некоторые из заседаний приглашались отдельные лица по распоряжению Александра II. Иногда это были совещания «разовые», собираемые императором для обсуждения одного из текущих вопросов политики. Впрочем, Александр II регулировал и состав самого Совета министров, вводя в него новых членов «по назначению» либо единовременно приглашая на заседания деятелей, не являвшихся членами Совета.